Genomplot
aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
Genomplot ist ein Verfahren in der Gentechnik, um Erbinformationen, die als DNA oder RNA vorliegen, zu vergleichen. Dabei ist jeweils eines der beiden zu vergleichenden Genome auf einer der beiden Achsen eines X-/ Y- Diagrammes aufgetragen. Die Stücken, die übereinstimmen, sind als Punkte dargestellt. Bei Vergleich mit sich selbst erscheint eine Diagonale von links unten (hier Koordinatenursprung) nach rechts oben im Winkel von 45 Grad. Man kann damit auch feststellen, ob ein Stück aus dem einen Genom bei dem anderen Genom an anderer Stelle eingefügt wurde.
Inhaltsverzeichnis |
[Bearbeiten] Suchkriterium
Die Wahrscheinlichkeit, dass man bei einem Vergleich an zufälliger Stelle bei nicht verwandten Genomen bei 20 Basenpaaren 15 gleiche Basenpaare erhält (ähnlich einem Lückentext), liegt in der Größenordnung 1:1.0+e6. Ein Punkt zählt als Treffer, wenn die folgenden Basenpaare diese Wahrscheinlichkeit unterbieten. Dazu ist ein möglichst hoher Trefferanteil bei einer möglichst langen Kette erforderlich. Genaue Berechnung der Wahrscheinlichkeit:
p : Obere Grenze der Wahrscheinlichkeit k : Anzahl der Übereinstimmenden Basenpaare m : Länge des Alfabetes n : Anzahl der zu vergleichende Basenpaare p = (n über k) * ((m - 1) ^ (n - k)) / (m ^ n)
[Bearbeiten] Varianten
- Vergleich der Proteine statt der Nucleotide
- Test, ob ein Text ein Plagiat ist
- Überlagerung von Vorwärtstest und Rückwärtstest (auch Linien von Rechts unten nach Links ober erscheinen)
[Bearbeiten] Bücher
- Wolff, Hauck, Küchlin: "Mathematik für Informatik und Bioinformatik", Springer Verlag 2004, Isbn: 3-540-20521-7
- Linder: "Biologie", Schrödel Verlag 2005, Isbn: 3-507-10930-1
[Bearbeiten] Siehe auch
Der bekannteste Algorithmus um Erbinformationen zu vergleichen ist Blast.
