Diskussion:Smith-Waterman-Algorithmus
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Achtung: Voraussetzung zum Verständnis dieses Artikels ist der Needleman-Wunsch-Algorithmus.
- Trotzdem könnte man eine Einleitung schreiben...
- --zeno 18:09, 18. Feb 2005 (CET)
-
- Einleitung ein wenig abgeändert.
- Hört sich so schöner an.
- Dennis G. 17:14, 16. Sep 2005 (CEST)
[Bearbeiten] Verbesserungsvorschläge
Ich finde, wenn man schon die mathematische Formulierung der Rekursionsgleichung aufzeigt, dann sollte man auch auf die Initialisierung der ersten Zeile/Spalte eingehen. Das steht zwar schon im Artikel über den Needleman-Wunsch Algorithmus, aber an dieser Stelle stört diese Redundanz meiner Meinung nach nicht:
Dann hat man zumindest die gesamte mathematische Formulierung auf einen Blick. Was haltet ihr von diesem Vorschlag ?
Achtung! Die hier genannte Initialisierung ist falsch! siehe Literatur --83.135.210.167 20:53, 3. Jan. 2007 (CET)
Außerdem finde ich, dass im vorherigen Abschnitt der Punkt "Traceback" zu kurz kommt. Beispielsweise wird nicht geklärt nach welchem Muster D durchlaufen wird.
Wird nun wie beim Needleman-Wunsch-Algorithmus immer einer der größten Vorgänger gewählt oder wird einfach diagonal nach oben gegangen, wie es im Beispiel der Fall ist?
Dies ist für den Leser eine wichtige Frage. Wenn ich den Algorithmus richtig verstehe, sucht man hierbei nach exakten Übereinstimmungen von Substrings. Also muß man einfach startend vom größten 
diagonal zurücklaufen bis man auf die erste Zelle trifft, die den Wert 0 enthält. Dies ist ein Unterschied zum Needleman-Wunsch-Algorithmus und sollte dann auch an dieser Stelle erwähnt werden. Falls ich mich in diesem Punkt irre, so beweist dies trotzdem, dass dieser Artikel noch einen gewissen Feinschliff benötigt :-)
Desweiteren befindet sich im Abschnitt Beispiel ein kleiner Fehler, der eventuell verwirrt. Dort wird definiert, dass Sequenz 1 = ACGA und Sequenz 2 = TCCG . Dazu gibt es zwei Dinge anzumerken:
- Bei Needleman-Wunsch werden diese Sequenzen als a und b bezeichnet und an diese Notation sollte man sich an dieser Stelle beibehalten.
- Die Reihenfolge ist falsch. Damit die Sequenzen zu der abgebildeten Matrix passen, müsste man sie vertauschen, d.h. a = TCCG und b = ACGA (vgl. Needleman-Wunsch-Algorithmus).
[Bearbeiten] Ueberarbeitung
Hallo,
ich wollte erst gar nicht soviel ueberarbeiten - aber dann kam doch das eine zum anderen.
Das Beispiel habe ich noch nicht durchgeschaut - aber wahrscheinlich werde ich es auch ueberarbeiten. Also ein Beispiel nehmen, wo man tatsaechlich den Unterschied zwischen globalen und lokalen Alignment sieht (und vielleicht etwas schoener aussieht inkl. Backtracking-Pfeilen).
--83.135.210.167 21:03, 3. Jan. 2007 (CET)
