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L'intégrase est une protéine enzymatique produite par les rétroéléments à ARN tels que les rétrovirus ou les retrotransposons, et qui catalyse l'étape dite d'intégration du cycle réplicatif de ces agents infectieux. Elle est particulièrement étudiée car elle constitue une cible thérapeutique de grand intérêt pour le traitement des infections par les retrovirus humains comme le virus du SIDA (VIH).
Le cycle réplicatif des rétrovirus, pour prendre cet exemple, est une suite d'étapes critiques dont chacune contribue à la réussite de l'infection. Infectant d'abord une cellule cible, l'ARN génomique est rétrotranscrit en ADN par la transcriptase inverse, puis intégré dans l'ADN cellulaire de sorte qu'il existe une continuité physique entre l'ADN du virus, alors appelé proviral, et celui de la cellule. Le génome du virus peut ensuite s'exprimer et détourner les ressources cellulaires, pilotant la production de molécules virales qui s'assemblent pour former de nouveaux virus infectieux. L'intégrase catalyse l'intégration, et l'intégration elle même est une étape indispensable à la poursuite du cycle réplicatif.
L'intégrase du VIH est une protéine de 32 kDa produite par clivage de l'extrémité C-terminale du produit d'expression du gène pol viral. Elle est constituée de 3 grands domaines : un domaine N-terminal avec un motif en doigt de zinc (de type HH-CC), un domaine central qui assure la plus grande part de l'activité de catalyse et un domaine C-terminal de liaison à l'ADN. L'intégrase fonctionne sous forme oligomérique, et il semble que chacun des domaines de la protéine participe à cette oligomérisation.
