Séquence promoteur

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une séquence promotrice est une région non transcrite située en amont d'un gène sur laquelle se fixe l'ARN polymérase. La fixation et l'activation de l'ARN polymérase sont contrôlées par des facteurs de transcription (éléments trans-régulateurs) qui se fixent au niveau de séquences cis-régulatrices, situées à des distances variables du site de démarrage de la transcription. Les facteurs de transcription peuvent être soit des activateurs, soit des répresseurs de la transcription. Par ailleurs, l'ADN n'est pas libre dans le noyau mais enroulé en une structure particulière appelée nucléosomes et associée à des protéines non-histones. L'état de condensation de cette structure chromatinienne au niveau des promoteurs des gènes conditionne leur transcription.

À partir de l'analyse de la séquence de différentes régions promotrice, des séquence consensus ont été établies, dont l'étude a montré qu'il en existe de plusieurs sortes. La première séquence découverte chez les procaryotes est la TATA box, contenant la succession de ces quatre paires de bases.

[modifier] Promoteur procaryotique de type TATA box

   <-- amont                                                aval -->
5'-XXXXXXXPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3'
           -35       -10       gène d'intérêet

(L'espacement optimal entre les régions -35 et -10 est de 17 nucléotides)

[modifier] Probablité d'observation pour chaque nucléotide

 séquence en -10
 T    A    T    A    A    T
77%  76%  60%  61%  56%  82%

 séquence en -35
 T    T    G    A    C    A
69%  79%  61%  56%  54%  54%

[modifier] Séquences promotrices eucaryotes

L'organisation des séquences promotrices est très différentes entre les procaryotes et les eucaryotes. Elle est beaucoup plus complexes chez les eucaryotes.