Mispairing PCR
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La mispairing PCR consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con l’uso di primers contenenti una o più basi non complementari alla reale sequenza da amplificare.
La condizione necessaria per l’appaiamento fra primer e templato è che, oltre alla serie di basi in 5’ a monte delle basi che non si appaiano, almeno le ultime 2 basi al 3’ del primer siano complementari al templato. Questa tecnica può essere sfruttata per individuare mutazioni o varianti alleliche di un gene, infatti, disegnando mispairing primers la cui estremità 3’ si appai appena a monte della base da verificare è possibile creare un sito di restrizione solo nel caso in cui sia presente una determinata vatiante allelica.
