Protein Data Bank
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Il Protein Data Bank (PDB) è un archivio per dati di struttura in 3-D di proteine e acidi nucleici. Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla cristallografia ai raggi X o alla spettrografia NMR, depositati da biologi e biochimici di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il database è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.
[modifica] Storia
Fondata nel 1971 dalla Brookhaven National Laboratory, la dirigenza del Protein Data Bank è stato trasferito nel 1998 a membri della Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB).
Il Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) consiste nell'organizzazione che si esplica nell'inserimento,nell'analisi dei dati e nella distribuzione dei centri di raccolta dati PDB. I membri fondatori sono RCSB PDB (USA), MSD-EBI (Europa) e PDBj (Giappone). Il gruppo BMRB (USA) si è unito al wwPDB nel 2006. La missione del wwPDB è di mantenere un unico archivio Protein Data Bank di dati di strutture macromolecolari che sia liberamente accessibile alla comunità globale.
Il PDB è una risorsa chiave nella biologia di struttura ed è fondamentale in alcuni recenti studi sui genomi strutturali.
Svariati database secondari e progetti sono stati sviluppati per integrare e classificare il PDB in termini di struttura funzione ed evoluzione delle proteine.
[modifica] Crescita
Quando il PDB fu fondato, conteneva appena 7 strutture proteiche. Da allora si è reso protagonista di una crescita pressoché esponenziale nel numero di strutture, che non mostra alcun segno di rallentamento.
La percentuale di crescita del PDB è stato oggetto di analisi molto attente.
[modifica] Contenuti
Il 26 settembre 2006, il database ha raggiunto quota 39051 coordinate atomiche rilasciate, 35767 delle quali proteine, il resto formato da acidi nucleici, acidi nucleici di proteine complesse, e alcune altre molecole. Circa 5000 nuove strutture sono rilasciate ogni anno. I dati sono immagazzinati in formato mmCIF specificamente sviluppato per lo scopo.
Nota che il database contiene informazioni sull'esatta posizione di tutti gli atomi in una grande biomolecola; se si è interessati solo alla sequenza dei dati, alla lista degli amminoacidi che formano una particolare proteina o alla lista dei nucleotidi che formano un particolare acido nucleico, è consigliabile l'utilizzo dei più completi database creati da Swiss-Prot e dall'International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
