ヘテロクロマチン(heterochromatin)は（殆どの場合、ただし常にではない）細胞周期の間も常に凝縮されたクロマチンの形状、または種類のこと。転写されず、濃い色が観察される。セントロメアとテロメア周辺によく見つかり、主に短い配列の繰り返し。
構造へテロクロマチン（Constitutive Heterochromatin）には高頻度から中頻度の繰り返し配列が含まれ、テロメアやセントロメア周辺に存在する。条件的ヘテロクロマチン（Facultative Heterochtomarin）は完全な染色体になる能力をもつ。例）バー小体（不活性なX性染色体）この染色体全体が翻訳されない。
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