Rentgenografia strukturalna
Z Wikipedii
Rentgenografia strukturalna to technika analityczna stosowana w krystalografii i chemii.
W krystalografii technika ta jest stosowana w celu ustalenia wymiarów i geometrii komórki elementarnej tworzącej daną sieć krystaliczną. W chemii metoda ta umożliwia dokładne ustalenie struktury związków chemicznych tworzących analizowane kryształy.
Spis treści |
[edytuj] Zasada działania
W obu przypadkach metoda ta opiera się na rejestracji obrazów dyfrakcyjnych promieni rentgenowskich, powstających na skutek subtelnych interakcji tego promieniowania z chmurami elektronowymi atomów tworzących analizowany kryształ. Na podstawie rejestracji obrazów dyfrakcyjnych promieniowania X przechodzącego przez kryształ pod różnymi kątami, korzystając z prawa Bragga wyznacza się trójwymiarową mapę gęstości elektronowej w komórce elementarnej kryształu. Dalsza, matematyczna analiza tej mapy umożliwia m.in:
- wyznaczenie pozycji i odległości całych cząsteczek względem siebie w sieci krystalicznej
- wyznaczenie położenia poszczególnych atomów względem siebie
- ustalenie kątów i długości wiązań między wszystkimi atomami tworzącymi cząsteczkę
- ustalenie rozkładu gęstości chmur elektronowych wokół poszczególnych atomów, co umożliwia obliczenie momentu dipolowego wiązań i całych cząsteczek oraz precyzyjne ustalenie natury poszczególnych wiązań.
[edytuj] Wykonywanie pomiaru
Do wykonania analizy potrzebny jest możliwie jak najbardziej izometryczny, najczystszy i posiadający jak najmniej defektów monokryształ danego związku chemicznego. Kryształ ten umieszcza się w dyfraktometrze i niekiedy schładza przy pomocy par ciekłego azotu do temperatury rzędu 100 K (przy użyciu par helu nawet do kilku K), aby zmniejszyć niedokładności wynikające z termicznych drgań atomów. Kryształ naświetla się silną, monochromatyczną wiązką promieni X, zmieniając stopniowo kąt jej padania na kryształ (poprzez jego obrót) i rejestrując zmiany w obrazie dyfrakcyjnym po przejściu promieni przez kryształ.
[edytuj] Zastosowania
Metoda ta jest podstawowym narzędziem w chemii organicznej, biochemii i metaloorganicznej do ustalania rzeczywistych struktur złożonych związków chemicznych. Metoda ta umożliwiła m.in wyznaczenie dokładnej struktury mioglobiny przez Maxa Perutza i Johna Cowdery Kendrewa w 1958, za co otrzymali oni Nagrodę Nobla (w roku 1962). Technika ta odegrała też decydującą rolę w ustaleniu struktury podwójnej helisy DNA przez Rosalindę Franklin, Jamesa Watsona i Francisa Cricka.
Nie można jej stosować dla ustalania struktury cząsteczek w fazie gazowej i ciekłej, która często może być inna od tej, jaką przyjmują te same cząsteczki w fazie krystalicznej.
Dane strukturalne pochodzące z rentgenografii są gromadzone w specjalnych bazach danych, do których dostęp można uzyskać albo poprzez wysłanie do nich określonej liczby własnych danych lub na zasadach komercyjnych. Do najbardziej znanych tego rodzaju baz zalicza się: Protein Databank (makrocząsteczki), Cambridge Structure Database (związki organiczne i metaloorganiczne) oraz ICSD (związki nieorganiczne).
[edytuj] Wady i zalety
Ogromną zaletą rentgenografii strukturalnej jest możliwość dokładnego ustalenia struktury chemicznej związków chemicznych z niemal absolutną pewnością, umożliwiającą zbudowanie ich rzeczywistego modelu przestrzennego. Żadna inna metoda analityczna nie daje takiej pewności i zawsze zostawia możliwość różnej interpretacji wyników.
Wadą rentgenografii jest konieczność posiadania czystego monokryształu analizowanego związku chemicznego o wymiarach liniowych rzędu 0,1–1 mm. W przypadku wielu związków chemicznych wyhodowanie takiego kryształu jest z wielu względów bardzo trudne, a czasem wręcz niemożliwe. Pewne rodzaje związków chemicznych, zwłaszcza o kształcie zbliżonym do sfery (np. fulereny), często nie dają dobrych obrazów dyfrakcyjnych, więc nie można ich w ten sposób analizować. Niektóre kryształy mogą ulegać rozkładowi pod wpływem promieniowania X, co również stwarza pewne ograniczenia.
Inną wadą retgenografii jest stosunkowo wysoki koszt i czasochłonność wykonywania takiej analizy. Nowoczesny monokrystaliczny dyfraktometr rentgenowski kosztuje w granicach 100–500 tys. €. Pomiar danych dla przeciętnego związku organicznego lub metaloorganicznego zabiera w zależności od urządzenia od kilku godzin do dwóch tygodni. Analiza otrzymanych danych (rozwiązanie struktury związku), jeśli jego struktura jest w miarę prosta, trwa 2–3 godziny. Natomiast w przypadku bardzo złożonych struktur, np. kryształów białek, czas ten może wynosić nawet kilka tygodni.
W początkowym okresie rozwoju retgenografii jej najistotniejszą wadą był sam fakt używania silnego promieniowania X, na które były wystawione były osoby obsługujące dyfraktometry, co mogło u nich wywoływać chorobę popromienną. Dawniej aparaty te wymagały stałej obecności operatora, co wielu z nich przypłaciło życiem (m.in. Rosalind Franklin, która uczestniczyła w odkrywaniu struktury DNA i którą pominięto przy przyznawaniu Nagrody Nobla za to odkrycie). Współcześnie jednak aparaty te umieszcza się w obudowach tak skonstruowanych, aby nie przepuszczały promieniowania rentgenowskiego i są one obsługiwane zdalnie za pomocą komputera. Jednym z podstawowych zabezpieczeń nowoczesnego dyfraktometru rentgenowskiego jest zestaw czujników uniemożliwiających rozpoczęcie pomiaru w przypadku, gdy obudowa jest otwarta.
