蛋白質組，又譯作蛋白質體，原文為Proteome，這個字最早出現的時間是1995年，漸漸應用到不同生物系統的研究中。蛋白質體是指組織或細胞中所有的蛋白質。
蛋白質體的內容大於基因體，特別是在真核生物中，可想而知，蛋白質的數量大於基因的數量是由於RNA在進行轉譯時有剪接(Splicing)的作用，在後轉譯修飾時蛋白質特殊部位會有磷酸化或糖基化的作用。
和蛋白質體有關的研究，稱作蛋白質組學（Proteomics)，最常用在從粹取物中分離蛋白質的方法是 二維電泳（2DE，or 2-D Electrophorensis），二維電泳的第一維過程中，蛋白質依其等電點的不同被分離開來，第二維的過程是用SDS-PAGE將蛋白質依分子量的不同加以分離，電泳結束後可將膠片以銀染或Coomassie Blue的方式染色，讓蛋白質顯現出來。
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