Folding@home

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Folding@home project

Folding@home是一个研究蛋白质折叠、误解、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由史丹佛大學化學系的潘德小組（Pande Group）主持，於2000年10月1日正式啟動。Folding@home現時是世界上第二大的分布式计算計劃，僅次於SETI@home。

2004年3月8日，研究基因結構的Genome@home計劃終止，併入Folding@home。

[编辑] 意義

Folding@home專注於精確地模擬蛋白質折疊和錯誤折疊的過程，以便能更好地了解多種疾病的起因和發展，包括阿茲海默症、牛海綿狀腦病（瘋牛症）、癌症和囊胞性纖維症。到目前為止，Folding@home 已成功模擬5—10微秒的折疊過程，超出先前估計可模擬的時段數千倍。

很多研究蛋白質結構的論文，都有引用這個計劃的成果。^[1]

伊利諾伊大學香檳分校在2002年10月22日發表的報告証實，該計劃採用分散模擬方式，所得出的結果是準確的。

[编辑] Folding@home和Rosetta@home

Folding@home和另一個分布式计算計劃Rosetta@home都作和蛋白質相關的研究，導致公眾常常把兩者的目標混淆，或不知道應該參加哪個計劃。為此，Folding@home的管理者、潘德小組的領導人費積‧潘德教授（Professor Vijay S. Pande）解說道：^[2]

我熟悉貝克、朗根納頓和他們的工件，並（正如整個蛋白質研究社群一樣）覺得他們的工作至關重要，使我印象深刻。但是，Rosetta@home和Folding@home兩者想要解決的，是很不同的問題。

Rosetta@home只著重蛋白質完成折疊後的最終狀態，並非折疊的過程。而且，Rosetta@home也不會探究折疊可能出現的錯誤。他們的研究方法，對我們感興趣的問題和要對付疾病（例如阿茲海默症），也沒有幫助。

同時，人們也該明白，用電腦去準確預測蛋白質的結構，比起進行真正的實驗，仍是更艱難的。而從Folding@home所獲得的有關蛋白質折疊和誤折的資料（例如速度、能量）是和實驗結果相符合的，也告訴我們更多實驗不能發現的東西。而Rosetta@home，雖然已進行了很長時間，也取得一些很可觀的成果，但當要在Rosetta@home預測的結構和晶體結構（crystal structure）之間選擇時，都會選取晶體結構。因為他們的努力，我相信這將會改變，但要這夢想成真，還有一段很長的路要走。

因此，兩個計劃都很有價值，但處理的卻是不同的問題。我想有些人誤解了，以為Folding@home是關於預測蛋白質的結構（其實並不是，這是Rosetta@home的專長），Rosetta@home是研究與蛋白質折疊錯誤相關的疾病（其實並不是，這是Folding@home的專長）。希望這篇貼文有助澄清一下。

[编辑] 運作方式

Folding@home並不依靠強大的超級電腦進行計算，反而主要的貢獻者是成千上萬的個人電腦。每部參與的電腦都安裝了一個在背景執行的客戶端程序，在系統不忙碌的時候調用中央處理器執行模擬工作。現時世界上絕大部分的個人電腦，在一般的情況下都很少用盡本身的計算能力。Folding@home就是使用這些本來都浪費了的運算力量。

Folding@Home的客戶端會定時連接設於史丹佛大學的伺服器去取得“工作單元”（work units），即一種存有實驗資料的數據包，根據實驗資料進行計算。每個工作單元計算完成後，再傳回伺服器。

[编辑] ATI顯示核心支援

配合Radeon X1 Series顯示核心，蛋白质的折叠效应就可文由顯核運算，充分發揮顯核強大的浮點運算性能。

[编辑] PlayStation 3平台支援

索尼已加入Folding@home计划，從PS3的1.6版本韌體開始，支援該項目科学運算。由於PS3使用了Cell處理器，能提供強大的運算性能。當PS3闲置时，就會啟動運算程式，计算蛋白质的折叠效应，利用結果去研究各种疑难杂症。當CELL處理器運算時，NVIDIA的RSX顯核就會提供立體的蛋白质折叠實时图形展示。該图形展示效果不錯，支援1080p輸出，还有HDR效果。用家可利用手柄来控制觀賞角度。