Sequenzmotiv
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Als Sequenzmotiv wird in der Biochemie ein bestimmter Abschnitt auf einer Nukleinsäure (DNA oder RNA) oder einem Protein bezeichnet, der an verschiedenen Stellen (DNA) bzw. auf verschiedenen Molekülen (RNA und Protein) wiederkehrt und dem eine biologische Bedeutung beigemessen wird. Häufig besteht eine gewisse Variabilität in der Sequenz; in solchen Fällen ist es sinnvoll, eine Konsensus-Sequenz zu bestimmen. Diese definiert die Sequenz weniger stringent, weil sie an bestimmten Stellen Alternativen zuläßt.
[Bearbeiten] Beispiele
Ein Beispiel für ein DNA-Motiv ist das κB-Motiv, dessen Konsensus-Sequenz folgende Struktur aufweist:
5’ GGGRNNYYCC 3’
Die DNA ist hier vom 5'- zum 3'-Ende dargestellt.
Folgende Abkürzungen werden dabei im allgemeinen für die Bezeichnung der Nukleinbasen verwendet:
- A: Adenin
- C: Cytosin
- G: Guanin
- T: Thymin
- N: beliebige Base (A, C, G oder T)
- R: beliebige Purinbase (A oder G)
- Y: beliebige Pyrimidinbase (C oder T)
Das κB-Motiv befindet sich in den regulatorischen Abschnitten zahlreicher Gene und wird vom Transkriptionsfaktor NF-κB erkannt. Eine Bindung verstärkt in den meisten Fällen die Transkription abhängiger Gene.
Es bestehen zahlreiche verschiedene Proteinmotive. Eine wichtige Funktion kommt ihnen vor allem bei Phosphorylierungen im Rahmen der Signaltransduktion zu. Zur Darstellung des Motivs wird der für Aminosäuren allgemein gebräuchliche Einbuchstaben- oder der Dreibuchstabencode verwendet.
