Palindromische Sequenz
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Palindromische Sequenzen bezeichnen in der Genetik (kurze) doppelsträngige DNA-Sequenzen, die sowohl von vorne als auch von hinten gelesen die gleiche Basenabfolge haben. Dazu muss man die Basenpaarungsregel der DNA beachten. Folgend ein Beispiel einer palindromischen Sequenz:
--GAATTC-- --CTTAAG--
Die meisten der DNA-bindenden und modifizierenden Proteine erkennen kurze palindromische Sequenzen und führen ihre Aktivitäten symmetrisch an beiden Strängen aus. Das oben gezeigte Beispiel ist die Erkennungssequenz für ein bekanntes Restriktionsenzym, EcoRI. EcoRI erkennt diese Sequenz innerhalb eines DNA-Doppelstranges und schneidet beide DNA-Stränge jeweils zwischen den Basen G(uanin) und A(denin). Das kürzeste Sequenzpalindrom mit einer wichtigen Funktion ist das CpG-Dinukleotid, bedeutend in der epigenetischen DNA-Methylierung von CpG-Inseln.
