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La Baie du Mont Saint Michel, la forêt alluviale rhénane ou la réserve nationale de Camargue (plus grande zone humide de France) sont internationalement reconnues. Le Val de Loire (159 communes sur 5 départements) a été inscrit au patrimoine mondial des paysages culturels de l’Unesco en 2000. La France est riche de nombreuses zones humides de grand intérêt et d'intérêt paneuropéen (pour les oiseaux notamment).
Les grandes zones humides sont :
- Alsace : Ried alsacien et vallée du Rhin Massif vosgien.
- Aquitaine : barrage d'Artix et saligues du Gave de Pau, Barthes de l'Adour, Basse-Garonne, bassin d'Arcachon et banc d'Arguin, Dordogne, Eyre, landes humides et lagunes de Gascogne, marais et estuaire de la Gironde, marais d'Orx, zones humides de l'arrière dune des Pyrénées occidentales, zones humides littorales de Gironde.
- Auvergne : Allier et Sioule, Auvergne occidentale et orientale, Sologne bourbonnaise.
- Bourgogne : Bresse, étangs de Galetas, Loire, massif du Morvan, val d'Armançon, val de Saône.
- Bretagne : baies d'Audierne, de Saint-Brieuc, de Morlaix et Carantec, estuaires de la Vilaine, du Trieux et du Jaudy, golfe du Morbihan, marais d'Audierne et de la Vilaine, massif armoricain, rade de Brest.
- Centre : Brenne, Lac de Rillé, Sologne, val de Cher, val de Loire.
- Champagne-Ardenne : marais de Saint-Gond, massif des Ardennes, vallées de l'Aire, de l'Aisne et de la Marne, étangs et réservoirs de Champagne humide.
- Corse : étangs d'Urbino et de Biguglia, pozzines du plateau de Coscione.
- Franche-Comté : massif du Jura.
- Île-de-France : Seine.
- Languedoc-Roussillon : Aubrac, Cévennes, étangs et salins du Languedoc et du Roussillon, Margeride, Montagne Noire, Pyrénées orientales.
- Limousin : étangs des Landes, plateau du Limousin.
- Lorraine : étangs de la Woëvre et du sud-est mosellan, Moselle, Vallées de Meuse et Chiers.
zone humide de l'estuaire de la Seine, au sud du
Havre, Seine-Maritime
- Midi-Pyrénées : Garonne, Pyrénées centrales, Vallée de l'Adour.
- Nord-Pas-de-Calais : Littoral et estuaires de la canche, de l'Authie et de l'Aa (Oye Plage), Scarpe/Escaut (PNR), Marais audomarois (PNR).
- Basse-Normandie : baie des Veys et du Mont Saint-Michel, Havres du Cotentin, marais du Cotentin et du Bessin, vallée de la Touques.
- Haute-Normandie : estuaire et marais de la Seine, Marais-Vernier
- Pays de la Loire : baie de Bourgneuf, estuaire de la Loire, île de Noirmoutier, lac de Grand-Lieu, Marais Breton, d'Olonne, de Basse Maine, de Brière, de l'Erdre, de Talmont, de Guérande et Mesquer, val de Loire.
- Picardie : Littoral, Vallée et estuaire de la Somme, vallée de l'Oise.
- Poitou-Charentes : anse de Fourras, baie de l'Aiguillon, Charente et ses affluents, marais de Brouage, de Rochefort, de Ré, de Seudre et d'Oléron, Marais poitevin, Sèvre niortaise, Venise verte.
- Provence-Alpes-Côte d'Azur : Alpes méridionales, Camargue, étang de Berre, golfe de Fos, marais de l'Ile, val de Durance, Vieille, zones humides entre Rhône et Crau, zones humides hyéroises.
- Rhône-Alpes : Alpes du Nord, basse vallée de l'Ain, Dombes, Haut-Rhône, lac du Bourget, lac Léman, marais de Lavours et Chautagne, moyenne vallée du Rhône, plaine du Forez, val de Drôme.
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