Kodoni

Wikipedia

Kodoni on kolmen peräkkäisen nukleotidin (adeniini, tymiini, sytosiini tai guaniini) muodostama pätkä DNA:ssa (tai lähetti-RNA:ssa, jossa tymiiniä vastaa urasiili), joka koodaa solun proteiinisynteesissä yhden aminohapon.

Kolme nukleotidia mahdollistaa 4³ = 64 aminohapon koodauksen. Aminohappoja on 20, joten yhtä aminohappoa voi vastata yksi tai useampia kodoneja. Osa kodoneista ei koodaa mitään aminohappoa, vaan ne ovat ns. lopetuskodoneja, joilla määritellään proteiiniynteesin lopetuskohta.

Lähetti-RNA:n (tRNA) kodonien merkitys on kuvattu alla olevissa taulukoissa. Lähes kaikkien organismien proteiinisynteesi noudattaa tätä nk. standardia geneettistä koodia, mutta siitä on olemassa myös jotain harvinaisia poikkeuksia.

[muokkaa] Taulukko 1: RNA:n kodonitaulukko

Taulukko sisältää lähetti-RNA:n 64 kodonia ja niiden koodaamat aminohapot. Koodin suunta on 5' --> 3'.
		U	C	A	G
		2. emäs
1. emäs	U	UUU (Phe/F)Fenyylialaniini UUC (Phe/F)Fenyylialaniini UUA (Leu/L)Leusiini UUG (Leu/L)Leusiini	UCU (Ser/S)Seriini UCC (Ser/S)Seriini UCA (Ser/S)Seriini UCG (Ser/S)Seriini	UAU (Tyr/Y)Tyrosiini UAC (Tyr/Y)Tyrosiini UAA Ochre (Stop) UAG Amber (Stop)	UGU (Cys/C)Kysteiini UGC (Cys/C)Kysteiini UGA Opal (Stop) UGG (Trp/W)Tryptofaani
	C	CUU (Leu/L)Leusiini CUC (Leu/L)Leusiini CUA (Leu/L)Leusiini CUG (Leu/L)Leusiini	CCU (Pro/P)Proliini CCC (Pro/P)Proliini CCA (Pro/P)Proliini CCG (Pro/P)Proliini	CAU (His/H)Histidiini CAC (His/H)Histidiini CAA (Gln/Q)Glutamiini CAG (Gln/Q)Glutamiini	CGU (Arg/R)Arginiini CGC (Arg/R)Arginiini CGA (Arg/R)Arginiini CGG (Arg/R)Arginiini
	A	AUU (Ile/I)Isoleusiini AUC (Ile/I)Isoleusiini AUA (Ile/I)Isoleusiini AUG (Met/M)Metioniini, Start¹	ACU (Thr/T)Treoniini ACC (Thr/T)Treoniini ACA (Thr/T)Treoniini ACG (Thr/T)Treoniini	AAU (Asn/N)Asparagiini AAC (Asn/N)Asparagiini AAA (Lys/K)Lysiini AAG (Lys/K)Lysiini	AGU (Ser/S)Seriini AGC (Ser/S)Seriini AGA (Arg/R)Arginiini AGG (Arg/R)Arginiini
	G	GUU (Val/V)Valiini GUC (Val/V)Valiini GUA (Val/V)Valiini GUG (Val/V)Valiini	GCU (Ala/A)Alaniini GCC (Ala/A)Alaniini GCA (Ala/A)Alaniini GCG (Ala/A)Alaniini	GAU (Asp/D)Asparagiinihappo GAC (Asp/D)Asparagiinihappo GAA (Glu/E)Glutamiinihappo GAG (Glu/E)Glutamiinihappo	GGU (Gly/G)Glysiini GGC (Gly/G)Glysiini GGA (Gly/G)Glysiini GGG (Gly/G)Glysiini

¹AUG-kodoni koodaa sekä metioniinia, että toimii translaation aloituskohtana: proteiinisynteesi alkaa mRNA:n ensimmäisestä AUG-kodonista

[muokkaa] Taulukko 2: Käänteinen kodonitaulukko

Taulukossa on esitettynä 20 proteiineissa käytettyä aminohappoa sekä niitä koodaavat kodonit.

Ala	A	GCU, GCC, GCA, GCG	Leu	L	UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG
Arg	R	CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG	Lys	K	AAA, AAG
Asn	N	AAU, AAC	Met	M	AUG
Asp	D	GAU, GAC	Phe	F	UUU, UUC
Cys	C	UGU, UGC	Pro	P	CCU, CCC, CCA, CCG
Gln	Q	CAA, CAG	Ser	S	UCU, UCC, UCA, UCG, AGU,AGC
Glu	E	GAA, GAG	Thr	T	ACU, ACC, ACA, ACG
Gly	G	GGU, GGC, GGA, GGG	Trp	W	UGG
His	H	CAU, CAC	Tyr	Y	UAU, UAC
Ile	I	AUU, AUC, AUA	Val	V	GUU, GUC, GUA, GUG
Start		AUG	Stop		UAG, UGA, UAA

Kodoni ja geeni ovat esimerkkejä elämän tiedon koodautumisesta, sen tasoista ja siitä, miten määrä muuttuu tietyn kynnyksen jälkeen laaduksi, uudeksi ilmiöksi ja tulkinnaksi. Yksi ja kaksi peräkkäistä nukleotidia on yksi ja kaksi peräkkäistä nukleotidia DNA:ssa, mutta kolme merkitsee em. tavalla aminohappoa.