Enterobacteriaceae
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| Escherichia coli grossissement × 15 000 |
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| Classification classique | |||||||||
| Règne | Bacteria | ||||||||
| Embranchement | Proteobacteria | ||||||||
| Classe | Gamma Proteobacteria | ||||||||
| Ordre | Enterobacteriales | ||||||||
| Famille | Enterobacteriaceae | ||||||||
| Taxons de rang inférieur | |||||||||
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Genres :
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Les entérobactéries (Enterobacteriaceae) constituent l'une des plus importantes familles de bactéries, autant du point de vue quantitatif (plus d'une quarantaine de genres) que du point de vue qualitatif. Elle regroupe ainsi de nombreux genres, très ubiquitaires, et ceux-ci sont fréquemment rencontrés en pathologie infectieuse ainsi que dans les bio-industries (fermentation de fromages et produits laitiers, alcools, traitements médicaux supplétifs, production de toxines à usage cosmétique, industrie pharmaceutique pour la fabrication d’agents antiviraux, analyse biologique de prélèvements médicaux ou vétérinaires pour isoler en culture les agents pathogènes, un grand nombre d’industries pour effectuer des mesures de niveau de toxicité biologique...).
Sommaire |
[modifier] Définition
On définit classiquement les entérobactéries par 7 critères (mais il faut faire attention, avec les remaniements de familles issues des nouvelles méthodes de la taxonomie, certains genres, ne répondant pas forcément à tous ces critères, font aujourd'hui partie de cette famille) :
- Bacilles Gram- de dimension moyenne (coccobacille, souvent polymorphe)
- Non exigeants (culture facile)
- Oxydase - (sauf Plesiomonas, Oxydase +) et en général Catalase +
- Nitrate réductase + (capables de réduire les nitrates en nitrites)
- Aéro-anaérobies facultatifs (capables de pousser en présence ou en absence de dioxygène)
- Fermentatifs du glucose (avec ou sans production de gaz)
- Immobiles ou mobiles par ciliature péritriche (très rares exceptions : Plesiomonas, ciliature polaire)
Les différences entre les nombreux genres et espèces viennent de critères plus précis, comme la fermentation de différents sucres, la production ou non de sulfures, la présence ou l'absence d'enzymes du métabolisme (β-galactosidase, désaminases, décarboxylases), le type de fermentation (butan-2,3-diol ou acides mixtes). Ces critères permettent de regrouper les différents genres en « groupes », rendant les démarches d'identification plus méthodiques et plus aisées, mais qui ne correspondent pas forcément à des réalités de proximité phylogénétique (puisque ce sont des critères uniquement phénotypiques, comme l'ancienne classification scientifique).
[modifier] Ecologie
[modifier] Habitat
Elles sont très répandues, certaines ne sont retrouvées que dans l'environnement, en particulier dans les milieux humides. La plupart des genres comportent des espèces pathogènes qui provoquent des troubles dont la gravité varie énormément d'une souche à l'autre. Certaines sont responsables de maladies des végétaux (phytopathogène) et d'autres pour l'animal.
Ce sont des bactéries très ubiquitaires, c'est-à-dire qu'on peut les retrouver dans de nombreux écosystèmes :
- certaines espèces sont seulement saprophytes : milieux humides surtout, sols, eaux, végétaux, produits alimentaires,
- d'autres sont phytopatogènes : Erwinia, Pantoea,
- mais la plupart des espèces sont commensales, isolées dans l'intestin de l'homme et des animaux, d'où le nom d'entérobactéries.
Elles se multiplient généralement aussi bien chez un hôte (commensales : Escherichia coli) que dans l'environnement (saprophytes : Serratia marcescens), bien que certaines espèces soient plus adaptées à l'un ou l'autre de ces habitats.
[modifier] Les entérobactéries commensales
Elles sont les hôtes de l'homme et des animaux chez lesquels elles résident principalement au niveau de l'intestin. On peut cependant les retrouver dans la cavité buccale, les régions humides de la peau en particulier le périnée, les fosses nasales et les voies génitales féminines dans lesquels elles peuvent constituer une flore transitaire.
Dans l'intestin, elles représente une fraction très importante de la flore aérobie de l'intestin. Elles se retrouvent en grand nombres au niveau du côlon (du ceacum au rectum), elle contribuent à la dégradation des résidus alimentaires et à la production de gaz intestinaux ; on parle de flore de fermentation.
L'espèce Escherichia coli y joue un rôle prépondérant en raison de sa présence constante et de sa large prédominance sur les autres espèces, elle constiturait 80% dans la flore aérobie avec une concentration avoisinant les 10^8 E.Coli/g de selles terminales. D'autres espèces ont une présence moins marquée tel que Proteus et Klebsiella ainsi que Citrobacter, Hafnia, Providencia, Enterobacter... à la présence plus irrégulière.
[modifier] Les entérobactéries pathogènes
Comme nous l'avons dit, les espèces pathogènes possèdent une grande variabilité dans leur comportement et leur agressivité chez l'hôte. On distingue alors deux groupes d'entérobactéries pathogènes : Les Pathogènes strictes et les Pathogènes opportunistes.
[modifier] Les entérobactéries pathogènes strictes
Leur présence dans l'organisme est anormale quelque soit leurs nombres et entrainent souvent une infection dont la gravité dépend de leur point d'entrée. Introduite par un aliment contaminé, elles provoqueront dans troubles intestinaux en adhérant sur la muqueuse intestinale puis en traversant la barrière entérocytaire. Les symptômes se caractérisent souvent par des diarrhées importantes suivit d'une déshydratation (grave chez le nourrisson)
Certaines espèces provoquent des pathologies spécifiques :
- L'espèce Salmonella typhi reponsable de la fièvre typhoïde ;
- l'espèce Shigella dystenteriae est l'agent responsable de la dysenterie bacillaire ;
- l'espèce Escherichia coli responsable de gastro-entérite infantile ;
- l'espèce Yersinia pestis responsable de la peste.
[modifier] Les entérobactéries pathogènes opportunistes
Les entérobactéries opportunistes ne disposent pas d'un pouvoir pathogène suffisant pour déclencher une pathologie chez un hôte sain. Elles sont en revanche susceptibles de déclencher une infection chez un sujet immunodéprimé comme des septicémies surtout en milieu hospitalier (par exemple, Serratia, Klebsiella, etc...) ce qui les a mis sur le même pied que d'autres germes d'hopitaux tels que le Staphylococcus"" et le Pyocyanique, infections respiratoires, urinaires, abdominales en particulier iatrogènes en post-opératoire.
Elles peuvent être présentes dans l'intestin et faire partie intégrante de sa flore commensale, c'est ainsi que l'espèce Escherichia coli est responsable d'infection urinaire (en particulier chez la femme) lors de, par exemple, constipations chroniques.
L'espèce Klebsiella pneumoniae est parfois responsable d'infections respiratoires.
[modifier] Les entérobactéries saprophytes
Les entérobactéries saprophytes sont présentes dans les sols, les eaux, les végétaux et dans tout type d'environnement humide en général. Elles participent à la dégradation des matières organiques. On compte parmi celles-ci : Les Proteus (qui vivent aussi bien en saprophytes qu'en commensaux), les Providencia, Enterobacter, Serratia, Hafnia... qui sont plus adaptés à l'environnement.
[modifier] Liste de genres
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[modifier] Voir aussi
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