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생태계(ecosystem)는 상호작용하는 유기체들과 또 그들에게 영향을 주고 영향을 받는 주변의 무생물의 환경을 묶어 하나로 칭하는 말이다. 생태계를 연구하는 학문을 생태학(ecology)라고 한다.
한 생태계는 유기체 집단 전체와 생명의 특별한 분야에 관해서 영향을 끼치는 무생물적인 요소로 이루어져있다.
어떤 생태계의 다양성은 영양물질의 순환과, 태양에서 생산자로 소비자로 이어지는 에너지의 흐름에 의존한다.