行政院衛生署，下設醫政處、藥政處、食品處、防疫處和保健處等。
附屬機關有：管制藥品管理局、藥物食品檢驗局、疾病管制局、中央健康保險局、中醫藥委員會、全民健康保險監理委員會、全民健康爭議審議委員會和全民健康醫療費用協定委員會等。
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