エフェソス公会議

ネストリオスはアリウス主義（キリストの神性否定）およびアポリナリオス主義（キリストは人間の霊を持たず神の霊しか持たない）に論駁するため、イエス・キリストの人間性と神性とを完全に独立した二つの自立存在（ヒュポスタシス）として並存していたと考えていた。ネストリオスはこの思想の表現としてマリアを「神の母」（ギリシャ語:テオトコス）というより「キリストの母」（ギリシャ語：クリストトコス）と呼ぶ方がふさわしいと主張していた。これに対しキュリロスは、キリストは唯一の自立存在であると強く反対した。これをテオトコス論争という。

会議はローマ皇帝テオドシウス2世の呼びかけで行われたが、会期は終始混乱した。というのもネストリオスは身の危険を感じて支持者の到着まで会議への参加を拒否していたからである。その隙をついて支持者と共に真っ先に到着したキュリロスの一派が主導してネストリオスの排斥を決定した。その後、ネストリオスを支持するアンティオキアの司教ヨアンネスとその支持者たちがキュリロス一派を弾劾。さらに教皇使節も到着してヨアンネスの一派を破門するなど神学的、政治的なさまざまな干渉によって会議は混乱した。最終的に同会議はニカイア信条を再確認し、マリアの呼び名はテオトコスがふさわしいとし、暫定処置としてネストリオスを排斥した。

公会議によって逆に深まったこの対立を解消するため、433年には対立したアレクサンドリア学派とアンティオキア学派を代表して（名誉回復された）アンティオキアのヨアンネスがネストリオスの破門を受け入れて合同信条を発表し、キュリロスの一派と和解した。

ネストリオスの教えは異端とされたにもかかわらず、東方において存続し、今でも中東やインドの一部で信じられている。ネストリオス派はイラクのアッシリア教会およびその分枝であるインドのトマス派教会(マラバル派)につらなっている。