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高遠 頼継（たかとお よりつぐ、？ - 天文21年1月27日（1552年2月21日））は、戦国時代の武将で、信濃の名門・諏訪氏庶流の高遠氏当主。受領名は紀伊守。
1542年（天文11年）、諏訪家当主の諏訪頼重が武田信玄の謀略によって自刃すると、同年9月10日、諏訪家当主となるべく高遠の地で挙兵。9月25日に安国寺合戦で敗れると、高遠の地へ逃れた。 1545年（天文13年）に、武田家との講和が成立すると、高遠城を無血開城した。その後は甲斐国で隠居生活を送る。
1552年、武田氏により自刃させられ、高遠氏は滅亡した。
