性別決定系統是指決定生物性別特徵的系統。大部分生物都有兩性：雄性與雌性。
許多時，性別是遺傳性的，兩性有不同的等位基因；在一些動物，不同性別更有不同的染色體。有時，性別按照環境因素或社會因素而決定。
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