原虫（げんちゅう）とは真核単細胞の微生物であって動物的なものを指す語。もともと原生動物と同義であったが、現在では寄生性で特に病原性のあるものについて言うことが多い。これは寄生虫学において単細胞の寄生虫を原虫と区分していることによる。
すなわち、ある病気があって、その病原体を探したときに、発見された生物が単細胞生物的で、真核細胞であり、すなわち細菌類ではなく、菌糸のような構造を持たず、つまり菌類とは思われない場合に、これにこの名を付ける。運動性があればもちろん問題なくこの名を与える。
先進諸国では衛生状態が良いため、原虫による病気は過去のものとされているが、近年、日本国内においても水道水中からクリプトスポリジウムが発見されるなど、目に見えていないだけで汚染は深刻であるという意見もある。
なお、カリニ肺炎の病原体であるニューモシスチス・カリニは以前は原虫と考えられていたが、最近の研究から原虫ではなく真菌であるとされている。
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