Também conhecidas como endonucleases, são enzimas que clivam a molécula de DNA através do reconhecimento de seqüências nucleotídicas específicas. As seqüências de reconhecimento são sempre palíndromos, p. ex., 5' GGATCC 3', da enzima BamHI.
Foram originalmente isoladas de procariotos. Hoje são produzidas por empresas de biotecnologia e são uma das ferramentas básicas em Biologia Molecular e Engenharia Genética.
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