日本の重要湿地500

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日本の重要湿地500（にほんのじゅうようしっち500）とは、ラムサール条約登録湿地の選定や、湿地保全の基礎資料とするために、2001年12月に環境省によって選定された日本国内の500か所の重要な湿地である。

[編集] 選定された湿地一覧

[編集] 北海道

利尻島湿地群（オタドマリ沼、沼浦湿原、南浜湿原）（北海道）
利尻島・礼文島周辺沿岸（北海道）
大沼・メグマ沼湿原、声問川（北海道）
猿払原野（ポロ沼、カムイト沼、猿骨沼、浅茅野湿原、モケウニ沼、猿払川など）（北海道）
クッチャロ湖（北海道）※
サロベツ原野（サロベツ湿原、長沼湖沼群、ペンケ沼、パンケ沼、兜沼）（北海道）※
天塩川（北海道）
松山湿原・ピヤシリ湿原（北海道）
コムケ湖（北海道）
シブノツナイ湖（北海道）
サロマ湖（北海道）
能取湖（北海道）
網走湖（北海道）
藻琴湖、濤沸湖、小清水原生花園（北海道）※
知床半島サケ・カラフトマス遡上河川（北海道）
知床半島山稜湿原（羅臼湖、二ツ池、知床沼高山湿原）（北海道）
知床半島東部沿岸（北海道）
野付半島・野付湾・尾岱沼（北海道）※
標津湿原（北海道）
茨散沼湿原、兼金沼・西別川湿原（北海道）
根室湿原群（根室半島湿原、ホロニタイ・フレシマ湿原、タンネ沼・オンネ沼、南部沼、長節沼、落石岬湿原、落石西湿原、落石湿原、ヒキウス沼、沖根辺沼）（北海道）
根室湾干潟（北海道）
風蓮湖・春国岱・温根沼および周辺湿原群（北海道）※
ユルリ島湿原（北海道）
火散布沼・藻散布沼（北海道）
霧多布湿原・幌戸湿原およびその地先沿岸（琵琶瀬湾・浜中湾）（北海道）※
厚岸湖（北海道）※（「厚岸湖・別寒辺牛湿原」として登録）
厚岸湾（北海道）
別寒辺牛湿原（北海道）※（「厚岸湖・別寒辺牛湿原」として登録）
釧路湿原（赤沼、塘路湖、達古武沼、遠矢採草地、シラルトロ湖などを含む）（北海道）※
然別湖（北海道）
阿寒湖とその流入・流出河川（パンケトウ、ペンケトウを含む）（北海道）※
馬主来沼（北海道）
十勝海岸湖沼群（十勝川河口湿原、長節沼、湧洞沼、キモントウ、生花苗沼、当縁湿原、ホロカヤントウ沼など）（北海道）
十勝川下流域湖沼群（三日月沼、育素多沼、池田キモントウなど）（北海道）
襟裳岬周辺沿岸（北海道）
朱鞠内湖とその上流域（北海道）
浮島湿原（北海道）
大雪山系トムラウシ山周辺湿原群（高根ヶ原、忠別沼、五色ヶ原、沼ノ原、ヒサゴ沼、銀杏が原湿原、トムラウシ南麓湿原など）（北海道）
大雪山系旭岳周辺湿原群（天人ヶ原湿原、沼ノ平湿原、雲井ヶ原など）（北海道）
雨竜沼湿原（恵岱岳湿原、群馬岳湿原などを含む）（北海道）※
原始ヶ原湿原（北海道）
金山湖とその上流域（北海道）
美唄湿原（北海道）
月ヶ湖湿原（北海道）
旧長都沼および周辺水田（北海道）
石狩川流域湖沼群（宮島沼、袋地沼、手形沼、三日月沼、浦臼沼、浦臼新沼、茶志内沼など）（北海道）※
石狩川（河口域）（北海道）
千歳川（北海道）
勇払平野湿原群（美々川、美々湿原、ウトナイ湖、トキサタマップ湿原、弁天沼、柏原東湿原、平木沼湖沼群朝日沼など）（北海道）※（ウトナイ湖）
厚真水田・鵡川水田（北海道）
鵡川河口（北海道）
倶多楽湖（北海道）
後志山地湿原群（中山湿原、京極湿原、大蛇ヶ原湿原など）（北海道）
キウシト湿原（北海道）
ニセコ連山の湿原群（神仙沼湿原、パンケ目国内湿原など）（北海道）
歌才湿原（北海道）
大沼（北海道）
汐首岬周辺沿岸（北海道）
函館湾周辺沿岸（北海道）
泊村盃地区地先沿岸（北海道）

[編集] 東北地方

下北半島大間崎周辺沿岸（青森県）
下北半島沿岸北部（青森県）
小川原湖湖沼群（尾駮沼、鷹架沼、市柳沼、田面木沼、高瀬川、小川原湖など）（青森県）
仏沼（青森県）※
陸奥湾（大湊湾、原別海岸、小湊浅所海岸、青森湾東岸）（青森県）
宇曽利山湖（青森県）
猿ヶ森砂丘と後背湿地（青森県）
十三湖・岩木川（河口域）（青森県）
屏風山湿原池沼群（平滝沼・ベンセ沼湿原、コケヤチ湿原など）（青森県）
津軽平野湖沼群（廻堰溜池、狄ガ館溜池、砂沢溜池）（青森県）
八甲田山湿原群（田代平湿原、睡蓮沼周辺、八甲田山高層湿原・雪田草原、黄瀬沼周辺、蔦沼周辺）（青森県）
十和田湖（青森県、秋田県）
安家川（岩手県）
八幡平周辺湿原群（赤川源流域湿原、八幡平湿原、八幡沼、黒谷地、夜沼、蒸ノ湯大谷地、長沼、大沼、大場谷地、熊谷地、前谷地など）（岩手県、秋田県）
南八幡平山稜湿原群（大深岳北面雪田、上倉山周辺湿原、丸森周辺湿原、三ツ石湿原、三ツ沼、栗木ヶ原、〔岩手〕大白森湿原、八瀬森、〔秋田〕大白森湿原、小白森湿原、乳頭山、田代平湿原、千沼ヶ原、笊森山雪田、熊見平、湯森山、秋田駒ヶ岳など）（岩手県、秋田県）
春子谷地湿原（岩手県）
焼石岳北面雪田（岩手県）
栗駒山湿原群（栗駒山雪田、世界谷地、ゴザコバシリ、須川湖周辺、竜泉ヶ原、田代沼など）（岩手県、宮城県、秋田県）
陸中リアス海岸の湾奥沿岸湿地群（宮古湾、山田湾、船越湾、大槌湾、釜石湾など）（岩手県）
三陸沿岸の外洋性藻場（岩手県）
広田湾（岩手県、宮城県）
南三陸海岸沿岸（御伊勢浜ほか）（宮城県）
志津川湾（宮城県）
万石浦（宮城県）
仙台湾および仙台海浜（松島湾、蒲生干潟、井戸浦潟、広浦、鳥の海など）（宮城県）
伊豆沼周辺湖沼群（伊豆沼、内沼、長沼など）（宮城県）※
蕪栗沼（宮城県）※
相野沼（宮城県）
化女沼（宮城県）
旧品井沼周辺ため池群（宮城県）
北上川（河口域）・長面浦（宮城県）
田谷地沼・かば谷地・すげ沼湿地池沼群（宮城県）
蔵王山周辺湿原群（芝草平、イロハ沼湿原群、御田の神湿原、地蔵岳雪田、熊野岳雪田など）（宮城県、山形県）
米代川河口湖沼群（小友沼、一ノ沢堤、能代大堤、落合沼、須田湿地など）（秋田県）
男鹿半島沿岸（秋田県）
秋田平野湖沼群（八郎潟調整池・天王出戸湿原、男潟、女潟、国花苑堤、小立花堤、福田堤、赤平潟、宝竜崎ため池、古川）（秋田県）
雄物川中流域湖沼群（高屋敷低層湿原、大浦沼、乙越沼、湯の台・小方角沢湿原）（秋田県）
横手市～仙北郡にかけてのため池群（秋田県）
仙北･平鹿地方の湧水群（秋田県）
田代岳湿地（秋田県）
和賀岳・朝日岳雪田（秋田県）
苔沼（秋田県）
加田喜沼（秋田県）
虎毛山湿地（秋田県）
鳥海山北麓湿地群（南由利原の湿地、冬師のハンノキ林、桑ノ木台湿原、仁賀保高原湖沼群（平石堤など））（秋田県）
鳥海山湿原群（竜ヶ原湿原、稲倉岳北面雪田、鳥海山雪田群、御浜扇子森雪田群、千畳ヶ原、荒神岳北面、心字雪田群、飯ヶ森湿原、河原宿湿原、大清水湿原など）（秋田県、山形県）
飛島周辺沿岸（山形県）
最上川河口（山形県）
最上川および赤川水系のウケクチウグイ生息地（山形県）
河島山麓堤群（山形県）
乱川扇状地湧水地（山形県）
上池・下池（山形県）
月山・湯殿山湿原群（月山山頂東側一帯、弥陀ヶ原湿原、念仏ヶ原、皮松谷地、田代沢湿原群など）（山形県）
朝日連峰湿原群（山形県）
飯豊連峰湿原群（山形県、福島県、新潟県）
吾妻山周辺湿原群（西吾妻山、東大巓、弥兵衛平、中大巓、矢筈山馬場谷地、明月・明星湖湿原、谷地平、景場平など）（山形県、福島県）
松川浦（福島県）
雄国沼湿原（福島県）
裏磐梯湖沼群（桧原湖、小野川湖、秋元湖、五色沼など）（福島県）
猪苗代湖と流入河川（福島県）
赤井谷地湿原（福島県）
矢の原湿原（福島県）
駒止・宮床湿原（福島県）
田代山湿原（福島県）
小名浜、塩屋崎周辺沿岸（福島県）
尾瀬ヶ原・尾瀬沼（福島県、群馬県、新潟県）※
会津駒ヶ岳周辺湿原群（福島県）

[編集] 関東地方

涸沼（茨城県）
霞ヶ浦・北浦水系の河川・湖沼群（霞ヶ浦・北浦・浮島湿原を含む）（茨城県）
利根川下流部（茨城県、千葉県）
菅生沼（茨城県）
北茨城市地先海岸（茨城県）
伊師浜、小貝浜、高磯（茨城県）
那珂湊地先沿岸（大洗、平磯、阿字ヶ浦）（茨城県）
渡良瀬遊水地（栃木県、群馬県、埼玉県）
那須山麓湿地群（高久甲、高久丙、小深堀、寺子丙、戸能など）（栃木県）
大田原市の湧水湿地（栃木県）
鬼怒川河川敷（上沢前湿地）（栃木県）
鬼怒沼湿原（栃木県）
上河戸・河戸新田のため池群（栃木県）
中禅寺湖（栃木県）
湯の湖・戦場ヶ原・小田代ヶ原湿原（栃木県）※
弁天沼湿原（栃木県）
長岡湿地（栃木県）
駒生湿地（栃木県）
草津周辺湿原群（芳ヶ平、富貴原ノ池、弓池など）（群馬県）
利根川源流山稜高層湿原群（平ヶ岳～巻機山～朝日岳）（群馬県、新潟県）
八瀬川（群馬県）
大峰沼湿原（群馬県）
狭山丘陵の湿地（埼玉県、東京都）
見沼代用水（埼玉県）
宝蔵寺沼（埼玉県）
犬吠埼周辺沿岸（千葉県）
小野川（千葉県）
はきだし沼（千葉県）
九十九里浜（栗山川～新川）（千葉県）
ジュンサイ池（千葉県）
東京湾の干潟・浅瀬（盤洲干潟、富津干潟、三番瀬、谷津干潟、小櫃川河口、葛西、東京港野鳥公園、中央海浜公園、森ヶ崎、多摩川河口、野島海岸など）（千葉県、東京都、神奈川県）※（谷津干潟）
北総地域の谷津田、水路、湧水（千葉県）
成東湿原（千葉県）
房総半島中部の谷戸（谷津）群（千葉県）
房総丘陵の谷津田、湧水地（千葉県）
一宮川ならびに夷隅川河口干潟（千葉県）
館山湾（千葉県）
館山波佐間、坂田（千葉県）
鵜原地先沿岸・鯛ノ浦（千葉県）
多摩丘陵地帯の湧水湿地（東京都）
八丈島周辺沿岸（東京都）
式根島足附港周辺（東京都）
父島・母島の河川（東京都）
小笠原諸島周辺の砂浜海岸および周辺浅海域（東京都）
芦ノ湖（神奈川県）
仙石原湿原（神奈川県）
三浦半島の湾･入江干潟および沿岸（小田和湾、諸磯湾、油壷湾、小網代湾、江奈湾、大浦海岸、城ヶ島、剱崎、三浦海岸、観音崎など）（神奈川県）
相模川河口（干潟）（神奈川県）
真鶴岬周辺沿岸（神奈川県）

[編集] 中部地方

苗場山周辺湿原（苗場山湿原、小松原湿原など）（新潟県、長野県）
佐渡島北部沿岸（新潟県）
佐渡島南部沿岸（新潟県）
地本湧水（新潟県）
信濃川および阿賀野川の最下流域（新潟県）
魚沼地方のシナイモツゴ生息地（新潟県）
妙高高原周辺湿原（イモリ池湿原、高谷池湿原など）（新潟県）
佐潟（新潟県）※
三和村ため池群（新潟県）
朝日池・鵜の池（新潟県）
鳥屋野潟（新潟県）
福島潟、瓢湖（新潟県）
柏崎沿岸（宮川～椎谷）（新潟県）
白馬岳周辺湿地群（朝日岳～唐松岳の雪田、白馬大池、八方池、長池などの高山湖沼、かもしか平、兵馬の平、天狗原湿原、栂池湿原、八方尾根湿原など）（新潟県、長野県、富山県）
河口湖（山梨県）
山中湖（山梨県）
忍野村湧水群（山梨県）
木崎湖周辺湖沼・湿地群（落倉湿原、居谷里湿原、唐花見湿原、姫川源流（親海湿原）、木崎湖、中綱湖、青木湖、農具川など）（長野県）
霧ヶ峰湿原群（八島ヶ原湿原、踊場湿原、車山湿原など）（長野県）
志賀高原周辺湿原群（四十八池湿原、田ノ原湿原、高天ヶ原・一ノ瀬湿原、焼額山湿原、北ドブ湿原、一沼など）（長野県）
乗鞍岳湿原（長野県）
安曇野蓼川周辺湧水河川（長野県）
黒姫山湖沼・湿原群（黒姫山大池、種池、古池、御鹿池、古池湿原、大だるみ湿原、御鹿池湿原、赤谷地湿原など）（長野県）
逆サ川（長野県）
茶臼山周辺ため池群（長野県）
立山周辺湿原群（弥陀ヶ原湿原、五色ヶ原、大日平湿原など）（富山県）
富山湾（富山県）
氷見市周辺の河川・ため池群（富山県）
能登半島の低地湿原（富山県、石川県）
七尾湾（石川県）
能登半島西海岸および湖沼群（邑知潟、高松～河北海岸、河北潟）（石川県）
白山の湿原・雪田草原（石川県、岐阜県）
片野鴨池（石川県）※
内浦町地先沿岸（石川県）
舳倉島・七ッ島周辺沿岸（石川県）
能登半島西部沿岸（石川県）
ガンの池（石川県）
大野市の湧水（福井県）
武生市の湧水（福井県）
武生市周辺のアベサンショウウオ生息地（福井県）
北潟湖（福井県）
九頭竜川下流域および流域湖沼（九頭竜川、大堤）（福井県）
中池見（福井県）
池ノ河内湿原（福井県）
三方五湖（福井県）※
養老地域の湧水群（岐阜県）
天生湿原（岐阜県）
沖ノ洞・上ノ洞（岐阜県）
大湫（岐阜県）
津保川流域の農業用水系（岐阜県）
前沢湿地・須衛湿地（岐阜県）
木曽三川合流域の河川・水路・ため池群（岐阜県、愛知県）
長良川・木曽川水系のサツキマス、ネコギギ生息地（岐阜県）
初島周辺沿岸（静岡県）
伊豆半島南東部（白浜～田牛）沿岸（静岡県）
逢瀬が浜（静岡県）
伊豆ヒリド、トナイ、中木港付近（静岡県）
伊豆半島西部沿岸（静岡県）
柿田川（静岡県）
麻機湿地（静岡県）
大井川中流域（静岡県）
御前崎周辺沿岸（静岡県）
遠州灘海岸（静岡県、愛知県）
桶ヶ谷沼・鶴ヶ池（静岡県）
浜名湖（静岡県）
葦毛湿原・湖西地方の湿地（静岡県、愛知県）
伊良湖岬周辺沿岸（愛知県）
濃尾平野外縁部のウシモツゴ生息地（愛知県、岐阜県）
三河湾（伊川津、汐川干潟、神野新田、矢作古川河口、一色干潟、矢作川河口、佐奈川河口など）（愛知県）
作手中間湿原群（長ノ山湿原など）（愛知県）
豊田市周辺中間湿原群（北山湿地、矢並湿地、伊保湿地など）（愛知県）
伊勢湾（藤前干潟、常滑沖、鈴鹿川・雲出川・櫛田川・祓川・愛宕川・金剛川の各河口）（愛知県、三重県）※

[編集] 近畿地方

祓川（三重県）
志摩半島南部沿岸（大王町～南島）（三重県）
彦根～米原地域の湧水群（滋賀県）
木之本町の農業用水系（滋賀県）
山門湿原（滋賀県）
饗庭野湿原（滋賀県）
琵琶湖（内湖を含む）（滋賀県）※
淀川水系（淀川、宇治川、木津川など）（滋賀県、京都府、大阪府）
河内風穴（滋賀県）
丹後半島沿岸～若狭湾（西部）（京都府）
八丁平湿原（京都府）
深泥池湿地（京都府）
由良川源流域（芦生・知井・安掛）（京都府）
大フケ湿原およびその周辺湿地（京都府）
丹後・但馬地方低山地湧水域のアベサンショウウオ生息地（京都府、兵庫県）
大阪湾南部（紀淡海峡）（大阪府）
大阪南港野鳥園（大阪府）
男里川河口（大阪府）
生駒・信貴山麓のため池群（大阪府）
浜甲子園（兵庫県）
淡路島中南部の農業用水系（兵庫県）
洲本地先沿岸（兵庫県）
家島周辺沿岸（兵庫県）
砥峰高原湿地（兵庫県）
氷上地方水系（加古川・由良川分水嶺）（兵庫県）
六甲山北面沢地群（兵庫県）
岸田川支流の最上流域（兵庫県）
東播磨北部地域の農業用水系（兵庫県）
明石市大久保町周辺のため池群（兵庫県）
加古川河口（兵庫県）
新舞子海岸（兵庫県）
千種川河口（兵庫県）
円山川河辺（兵庫県）
お亀池（奈良県）
紀伊半島のキリクチ生息地（奈良県）
紀の川河口、和歌川河口（和歌山県）
有田川河口（和歌山県）
沼池（和歌山県）
日高川河口（和歌山県）
田辺市～日高郡ため池群（和歌山県）
白浜～田辺湾（和歌山県）
古座町田原地区の水田・湿地（和歌山県）
串本錆浦、潮岬西岸（和歌山県）※
和歌山千里の浜（和歌山県）
新宮藺沢浮島の森（和歌山県）

[編集] 中国地方

岩美地先沿岸（鳥取県）
唐川湿原（鳥取県）
菅野湿原（鳥取県）
多鯰ヶ池（鳥取県）
神戸ノ上湿地（鳥取県）
中海（大橋川を含む）（鳥取県、島根県）※
宍道湖（斐伊川下流部を含む）（島根県）※
赤名湿原（島根県）
隠岐島（島後）の渓流域（島根県）
隠岐島周辺沿岸（島根県）
十六島周辺沿岸（島根県）
地倉沼（島根県）
岡山平野のスイゲンゼニタナゴ等生息地（岡山県）
永江川河口（岡山県）
鯉ヶ窪・おもつぼ湿原（岡山県）
邑久郡の塩性湿地（岡山県）
味野湾、玉野湾（岡山県）
細ノ洲（広島県）
安芸湾三津口（広島県）
世羅台地の湧水湿地・ため池群（広島県）
賀茂台地の湧水湿地・ため池群（広島県）
東八幡原・西八幡原（広島県）
帝釈川（広島県）
宮島（広島県）
広島湾東部（江田島、能美島、倉橋島等）（広島県）
広島湾西部（屋代島等）（山口県）
秋穂湾～山口湾（椹野川河口）（山口県）
阿知須干拓および土路石川河口（山口県）
厚東川・有帆川・厚狭川の河口（山口県）
厚狭川下流農業用水系（山口県）
秋芳洞の地下水系（山口県）※
油谷湾（山口県）
青海島周辺沿岸（山口県）

[編集] 四国地方

ジョガマル池（徳島県）
吉野川河口、勝浦川河口（徳島県）
大津田川流域の用水路網（徳島県）
蒲生田海岸（徳島県）
伊島および周辺沿岸（徳島県）
橘湾（徳島県）
日和佐大浜海岸（徳島県）
牟岐大島周辺沿岸（徳島県）
出羽島の大池（徳島県）
宍喰地先沿岸（徳島県）
黒沢湿原（徳島県）
鳴門海峡（徳島県）
香川県低地の水田、ため池などの湿地（香川県）
豊島ため池群（香川県）
満濃池周辺のため池群（香川県）
加茂川河口（愛媛県）
皿ヶ嶺湿地（愛媛県）
重信川河口（愛媛県）
肱川下流域の農業用水系（愛媛県）
伊方町地先沿岸（愛媛県）
宇和海島嶼部周辺沿岸（愛媛県）
松山地区のオオイタサンショウウオの生息地（高知県）
四万十川下流・河口域（高知県）
中村市トンボ自然公園（高知県）
土佐清水鵜碆、平碆、見残し周辺沿岸（高知県）
龍河洞の地下水系（高知県）
横碆周辺沿岸（高知県）
浦ノ内湾（高知県）
室戸岬周辺沿岸（高知県）
夜須町地先沿岸（高知県）

[編集] 九州･沖縄地方

お糸池（福岡県）
曽根干潟（福岡県）
筑前大島・地ノ島周辺沿岸（福岡県）
長井浜～西角田漁港周辺干潟（福岡県）
千鳥が池（福岡県）
福岡湾（和白干潟・今津干潟）（福岡県）
田主丸町の農業用水系（福岡県）
有明海（筑後川河口～矢部川河口、東与賀海岸、六角川河口～塩田川河口、鹿島海岸、田古里川河口、諫早湾、荒尾海岸）および筑後川（感潮域）（福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県）
筑紫平野の河川・水路など（福岡県、佐賀県）
樫原湿原（佐賀県）
星賀塩生湿地（佐賀県）
イロハ島一帯（佐賀県）
伊万里湾（佐賀県）
東松浦半島北部（小川島、神集島を含む）沿岸（佐賀県）
志々伎湾（長崎県）
平戸海峡（長崎県）
南九十九島周辺沿岸（長崎県）
壱岐島の河川（長崎県）
壱岐島石影浦（長崎県）
対馬渓流域（長崎県）
対馬・浅茅湾および綱浦（長崎県）
対馬・田ノ浜（長崎県）
七ツ釜鍾乳洞の地下水系（長崎県）
神代川（長崎県）
島原半島南部沿岸（長崎県）
平尾免地先沿岸（長崎県）
志津川（熊本県）
江津湖・上江津湖水系（熊本県）
菊池川・白川・緑川河口（熊本県）
不知火干潟周辺（熊本県）
球磨川河口（熊本県）
天草・大矢野島周辺沿岸（熊本県）
天草灘通詞島周辺沿岸（熊本県）
苓北町富岡地先沿岸（熊本県）
天草牛深（片島、大島、桑島）周辺沿岸（熊本県）
九州中央山地源流域のベッコウサンショウウオ等生息地（熊本県、宮崎県、鹿児島県）
姫島周辺沿岸（大分県）
野依新池（大分県）
中津海岸・宇佐海岸（大分県）
安心院町のため池群（大分県）
守江湾（八坂川河口）（大分県）
小深江漁港周辺干潟（大分県）
小田の池（大分県）
金鱗湖周辺の温泉水路（大分県）
九重火山群湿原（西千里浜、坊ガツル、タデ原）（大分県）※（くじゅう坊ガツル・タデ原湿原）
松岡・敷戸のため池群（大分県）
家田・川坂湿原（宮崎県）
門川湾・御鉾ヶ浦（細島港）（宮崎県）
島浦島周辺沿岸（宮崎県）
宮崎市周辺の砂浜海岸（宮崎県）
五ヶ瀬川、祝子川、北川の感潮域（宮崎県）
日南市～南郷町ため池群（宮崎県）
大淀川水系岩瀬川オオヨドカワゴロモ自生地（宮崎県）
宮崎市湧水地帯のオオイタサンショウウオ生息地（宮崎県）
青島周辺沿岸（宮崎県）
本城川河口～千野川河口（宮崎県）
都井岬周辺沿岸（宮崎県）
栄松地先沿岸（宮崎県）
志布志町のカワゴケソウ類自生地（鹿児島県）
大隅半島のカワゴケソウ類自生地（鹿児島県）
薩摩半島のカワゴケソウ類自生地（鹿児島県）
川内川のカワゴケソウ類およびチスジノリ生育地（鹿児島県）
長島周辺沿岸（鹿児島県）
阿久根地先沿岸（鹿児島県）
出水干拓地（鹿児島県）
串木野市羽島地先沿岸（鹿児島県）
藺牟田池（鹿児島県）※
鹿児島湾（桜島漁港・浜町・鴨池港・生見のアマモ場群落、重富海岸、天降川河口、喜入町メヒルギ林湿地、岩崎川、鈴川、米倉川など）（鹿児島県）
志布志湾沿岸（鹿児島県）
鰻池（鹿児島県）
万之瀬川河口・吹上浜海岸（鹿児島県）
大浦川河口（鹿児島県）
種子島の砂浜海岸とサンゴ礁（鹿児島県）
種子島のマングローブ林（湊川、大浦川）（鹿児島県）
一湊川のカワゴケソウ類自生地（鹿児島県）
屋久島（宮之浦川）（鹿児島県）
屋久島西部海岸（鹿児島県）
屋久島栗生塚崎（鹿児島県）
栗生川（鹿児島県）
屋久島花之江河周辺（鹿児島県）
甑島周辺沿岸（海鼠池、貝池を含む）（鹿児島県）
奄美大島南部の渓流域（鹿児島県）
住用湾流入河川および河口部（住用川・役勝川河口および城内海）（鹿児島県）
住用村の止水域（鹿児島県）
笠利湾（鹿児島県）
勝浦川下流域の農業用水系（鹿児島県）
徳之島山地水域（鹿児島県）
徳之島神之嶺、カンニシ港（鹿児島県）
屋嘉田潟原（沖縄県）
億首川流域（沖縄県）
ヤンバル河川群（沖縄県）
沖縄本島東沿岸（辺野古～漢那）（沖縄県）
慶武原川（沖縄県）
東村の慶佐次マングローブと流入河川（沖縄県）
喜如嘉（水田地帯）（沖縄県）
大浦湾および大浦川（沖縄県）
屋我地（羽地内海を含む）（沖縄県）
アミスガー・ハマサ（沖縄県）
水納島周辺沿岸（沖縄県）
残波岬地先沿岸（沖縄県）
藪地島周辺沿岸（沖縄県）
中城湾（泡瀬干潟･佐敷干潟など）（沖縄県）
漫湖（沖縄県）※
具志干潟～大嶺岬周辺沿岸（沖縄県）
屋富祖井（沖縄県）
与根干潟（沖縄県）
瀬底島の小湿地および周辺沿岸（沖縄県）
塩川（沖縄県）
斎場御嶽（沖縄県）
渡名喜島周辺沿岸（沖縄県）
南大東島の池と洞窟群（沖縄県）
慶良間諸島渡嘉敷島の山地水域（沖縄県）
慶良間諸島周辺沿岸（沖縄県）※
久米島の渓流・湿地（沖縄県）
八重干瀬（沖縄県）
宮古島中北部の湿地（沖縄県）
宮古島の洞窟群と湧泉群（沖縄県）
池間島湿原と周辺サンゴ礁（沖縄県）
島尻入江（沖縄県）
宮古島東部（東平安名崎）沿岸（沖縄県）
嘉手刈入江（沖縄県）
与那覇湾およびその周辺（沖縄県）
伊良部島の入江（沖縄県）
平久保半島北東沿岸（沖縄県）
嘉良川（沖縄県）
吹通川河口域およびその沿岸（沖縄県）
川平湾、米原地先沿岸（沖縄県）
カピラ湧水および川平の水田（沖縄県）
御神崎～石崎地先沿岸（沖縄県）
名蔵湾および名蔵川集水域（沖縄県）※
宮良湾・宮良川河口域（沖縄県）
白保海岸とその沿岸（沖縄県）
石西礁湖（沖縄県）
西表島山地水域および平地部天然陸水域（沖縄県）
大正池付近（沖縄県）
仲間川（沖縄県）
後良川・相良川・前良川（沖縄県）
由布島および干潟（沖縄県）
小浜島（細崎－アカヤ崎）（沖縄県）
船浦湾と流入河川（沖縄県）
浦内川（沖縄県）
西表島南西部海域および河口域（沖縄県）
与那国島の湿地・河川（沖縄県）